对于在深圳工作和生活的香港籍父母，如果孩子到了入学年龄，那么就面临着选择孩子的就读学校的问题。为了解决这部分香港籍孩子的就学问题，深港合作在深圳兴办了好几所专门招收港籍学生的港校。另外还有一些公立学校和民办学校开设了香港 HKDSE 课程。下面是这些学校的列表：
- 深圳香港培侨书院龙华信义学校
- 深圳市罗湖区港人子弟学校
- 深圳前海哈罗港人子弟学校
- 深圳云顶学校
- 鲸帆DSE国际学院
- 深圳市第三高级中学国际部
- 深圳市格睿特高级中学香港DSE部
- 深大师院国际高中（云海谷）
- 深圳（南山）中加学校DSE班
- 华美外国语学校香港班
- 深圳福景外国语学校
- 深圳市汉开数理高中
- 深圳天立教育国际高中
- 深圳中新中学
- 深圳南山中英文学校协同港籍学生班
- 深美外籍人员子女学校
- 福港艺林学校DSE特色班
- 深圳市华侨（康桥）书院国际部
- 深圳菁华中英文实验中学
- 普林云海港人子弟学校